自从第二部预告片发布以来神奇宝贝猩红和紫色早在六月，玩家就强烈怀疑游戏中是否会包含一些时间旅行元素以及某些神奇宝贝和角色的描绘方式。
这发展成为一种工作理论神奇宝贝猩红会有更多过去的元素，同时神奇宝贝紫色从未来获取更多。而且，由于最近的一些泄密事件看起来至少大部分是准确的，这些早期的猜测似乎部分正确。
除了几款传闻中的新神奇宝贝、进化、区域形态等之外，自推出以来一直享有盛誉的泄密者太阳和月亮似乎证实了时间旅行在游戏中发挥了作用，但对玩家本身却没有影响。
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根据几个帖子从中国论坛带来的，时间旅行元素只会影响神奇宝贝，不会影响玩家。这可能意味着不同时期的神奇宝贝将会出现，也许包括现代不存在的翡翠神奇宝贝。
故事中还有其他元素可能与时间或时间旅行特别相关，游戏的专属教授 Sada 教授和 Turo 教授，以及传奇神奇宝贝 Koraidon 和 Miraidon 是其中的关键组成部分。
同一位泄密者还表示，如果这个故事有价值的话，这个故事对于《神奇宝贝》游戏来说确实很不错，但在游戏于 11 月推出或参与开发的公司分享更多信息之前，我们实际上无法知道其中有多少是真实的。
